Az alapvető jogoknak való megfelelés a hatékony határigazgatás elengedhetetlen eleme. A határellenőrzés szempontjából releváns uniós jogi eszközök egyértelmű alapjogi biztosítékokat tartalmaznak. Az alapvető jogok határokon átívelő tiszteletben tartásának kiindulópontja annak biztosítása, hogy azokat maradéktalanul alkalmazzák és végrehajtják. Ennek megkönnyítése érdekében FRA, az EU Alapjogi Ügynöksége úgy véli, hogy a következő intézkedések segíthetnek.

Először is, folytatni kell a schengeni értékelési és nyomon követési mechanizmus hatékonyságnövelésének módjait a határátkelőhelyeken kívül esetlegesen felmerülő alapvető jogi kérdések kezelésének kérdéseiben is. Másodszor, operatív szinten a határőrök mindennapi munkája során még mindig nincs egyértelmű álláspont abban, hogy az uniós jog alapján mely cselekedetek megengedettek és melyek nem. Míg a határőrök világos utasításokat és képzést kapnak a fegyverek és a visszatartó eszközök használatáról, más az értelmezés például az eljárási biztosítékok tekintetében.

Az ügynökség véleménye alapján az áldozatokra (értsd: bevándorlók, illetve ezek sérülékeny csoportjai) összpontosító megközelítésre van szükség a szervezett bűnözés elleni küzdelemben a határokon. Az emberkereskedelemmel és a migránsok csempészésével kapcsolatos cselekvési tervek és stratégiák lehetőséget kínálnak arra, hogy konkrét kezdeményezéseket javasoljanak az áldozatok jogainak további megerősítésére, valamint a gyermek- és nemi szempontból érzékeny megközelítés érvényesítésére a határigazgatásban. Álláspontjuk szerint az áldozatokra összpontosító megközelítés a migránsokat és a menekülteket is arra ösztönözné, hogy jelentsék a jogsértéseket, felhatalmazva őket jogaik és kötelezettségeik gyakorlására, amint azt a 16. célkitűzés előírja. Itt az ENSZ Globális Paktum a biztonságos, rendezett és rendszeres migrációért

Az FRA fokozná az átláthatóságot a határőrök, valamint a civilek által a határokon történő bántalmazás vádjainak kivizsgálása érdekében tett nemzeti szintű intézkedések terén is. A vizsgálat hatékonysága érdekében független, gyors intézkedéseket kellene tenni a felelősök azonosítása és büntetése tekintetében. Ez megköveteli, hogy a vizsgálatok alaposak legyenek; a vizsgálatokat folytatóknak a gyakorlatban függetlennek kell lenniük az eseményekben érintettektől; és az áldozatoknak hatékonyan részt kell venniük a nyomozásban.

A migráció új megközelítését határozza meg a szervezet, ennek keretében egy olyan uniós mechanizmus létrehozását javasolja, amely az alapvető jogokat ellenőrzi a külső határokon. A mechanizmusnak függetlennek kell lennie, és minden állítólagos alapjogsértést szigorúan meg kell vizsgálni. A jogok határokon történő betartásának nyomon követése nem új keletű. Az UNHCR (az ENSZ Menekültügyi Főbiztosa) hagyományosan elősegítette a független határfigyelő mechanizmusok felállítását és működésbe helyezését. A 2000-es évek óta számos közép- és kelet-európai országban az UNHCR, a határőrséggel és a nem kormányzati szervezetekkel kötött háromoldalú megállapodásokat az európai szárazföldi határok mentén végzett határellenőrzés nyomon követésére.

Az Alapjogi Ügynökség javaslatában foglaltak nyomán a határokon a független ellenőrzési mechanizmusok létrehozása hasznos módnak bizonyult az államok számára annak biztosítására, hogy a határellenőrzési tevékenységek megfeleljenek az alapvető jogok feltételrendszerének. A monitoring segíthet szerintük azonosítani az alapvető jogok normáival és biztosítékaival kapcsolatos problémákat, hiányosságokat és képzési igényeket. Ezekre a tapasztalatokra építve az uniós jogban javasolt nemzeti független ellenőrzési mechanizmus növelheti a határon az alapvető jogok helyzetének átláthatóságát, elősegítheti a hiányosságok kezelését és megkönnyítheti a nyomozásokat.

Azt állítják, hogy a hatékonyság érdekében a fenti nemzeti mechanizmusoknak nemcsak függetlennek kell lenniük, hanem magukban kell foglalniuk a helyekhez, az emberekhez és a dokumentumokhoz való akadálytalan hozzáférés biztosítékait, az összes vonatkozó határigazgatási tevékenység nyomon követését, valamint elegendő erőforrás elosztását ahhoz, hogy lehetővé tegyék a rendszeresen nyomon követést. A kérdés csupán, hogy ebben a koordinátarendszerben hol helyezkedik el a nemzeti szuverenitás??