Az NGO-k komoly közvélemény-formáló erővel rendelkeznek, sőt bizonyos NGO-k jelentősebb nemzetközi befolyással bírnak, mint egyes államok, politikai szervezetek. Befolyásukat és elismertségüket annak köszönhetik, hogy a vállaltan politikai szervezetekkel szemben helyzeti előnyben vannak, hiszen magukat civilnek, szakmainak és függetlennek pozicionálják. Fontos kérdés, hogy mire használják az NGO-k a fentebb már említett befolyásukat. A Századvég megállapításai szerint egyes szervezetek egy jól körülhatárolható politikai ideológia terjesztésére. Ideológiailag tehát ezek a szervezetek egyáltalán nem függetlenek.

Tevékenységük során jellemzően az emberi jogi kérdéseket politikai haszonszerzésre használják. De a politikai függetlenségüket is megkérdőjelezi az a tény, hogy az NGO-k aktívan beavatkoznak egy-egy nemzetállam belpolitikájába. Olyan belpolitikai kérdésnek számító ügyekben, mint például a migrációs válság, az azonos neműek házassága, a drogliberalizáció, jellemzően külföldi támogatóik véleményével megegyezően foglalnak állást. Sőt, esetenként az ellenzék kezébe olyan erős politikai eszközöket adnak, amivel azok sikeresen buktathatják meg a kormányzó erőket.

A képviseleti demokráciákban a politikai ideológiák képviseletére és a belpolitika formálására a demokratikus választásokon erre felhatalmazást szerző politikai pártok jogosultak. Az NGO-k azonban nem mérettetik meg magukat hagyományos értelemben vett választásokon, így kérdéses, hogy valójában milyen alapon is fejtik ki tevékenységüket. Ráadásul az NGO-k elszámoltathatósága is kérdéseket von maga után. A politikai pártok ugyanis annak tudatában működnek, hogy négy évente a választók véleményt mondanak a tevékenységükről és ez adott esetben a politikai megsemmisülésükhöz is vezethet. Ez nem mondható el az NGO-król, akik nem vesznek részt a hagyományos értelemben vett politikai versenyben, tevékenységük teljesen független a választók akaratától, így akkor is nyugodtan működhetnek tovább és alakíthatják egy-egy politikai kérdés társadalmi megítélését, ha egyébként már egyáltalán nincs társadalmi támogatottságuk.

Az NGO-k gyakran hangsúlyozzák szakértelmüket, amikor létezésük alapját próbálják alátámasztani. Az NGO-k a szakmaiságukat azzal igyekeznek hitelesíteni, hogy magas nemzetközi és belföldi idézettségükre hivatkoznak, mondván, ha ilyen sokan idézik őket, akkor nyilván szakmailag kompetensek. Csakhogy a magas idézettségük nem kizárólag szakmai kiválóságuknak köszönhető, hanem annak, hogy hálózatosodva működnek. Ez azt jelenti, hogy gyakorlatilag az egész világot behálózva, szinte minden országban működtetnek fiókszervezeteket, ráadásul a hasonló profilú NGO-k még együtt is működnek egymással. Azaz a magas idézettségüket (és ebből adódóan szakmai hitelességüket is) saját maguk teremtik meg egymás között.

Az NGO-k azt is szeretik hangsúlyozni magukról, hogy ők „mindentől” függetlenek. A fentiek szerint ugyanakkor ideológiai, politikai függetlenségről esetükben nem lehet szó. A Századvég tanulmánya arra is rámutat, hogy az NGO-k anyagilag függenek az őket támogató donoroktól. Ennek pedig az a következménye, hogy az NGO-k a szakmai szempontokat alárendelik a donorjaik gazdasági magánérdekeinek. A NGO-k ilyen gazdasági érdekkijáró tevékenységére remek példát szolgáltatnak a rendszerváltás utáni posztszovjet országok. Ezekben az országokban az NGO-k belefolyva egy-egy ország törvényhozásába – a gazdasági liberalizáció, a szabad piac és a privatizáció törvényesítése mellett kardoskodva – nyugati, tőkeerős, befektetni kívánó donorcégeik gazdasági érdekeiért lobbiztak. A szakirodalom egy része ezért kvázi lobbistaként tekint az NGO-k egy csoportjára. De a közvélemény szemében is inkább lobbistaként jelennek meg az NGO-k. Egy 2013-as európai szintű tanulmány szerint a megkérdezettek 51 százaléka gondolja úgy, hogy az NGO-k lobbisták. Észtországban 100%, Finnországban 93%, Lettországban 80%, Hollandiában pedig 78% azonosította a NGO-kat lobbistaként.

A tanulmány rávilágít arra, hogy bár az NGO-k valójában lobbistaként működnek, s külföldi érdekeket jelenítenek meg, mégis a civil szervezetekre vonatkozó törvények vonatkoznak rájuk. Ausztria például ugyanakkor 2013 óta egyes, lobbikategóriába tartozó NGO-knak kötelezővé teszi, hogy lobbistaként regisztrálják magukat. Aki pedig ezt elmulasztja, azt pénzbüntetéssel sújtják. Így Ausztriában az Amnesty International, a Greenpeace és a WWF is lobbistaként van nyilvántartva. De hasonló a szabályozás az Amerikai Egyesült Államokban, Németországban és Izraelben is. Ezekben az országokban az NGO-k – a pártokhoz és a lobbicégekhez hasonlóan – kötelesek beszámolni forrásaik eredetéről és donorjaik kilétéről. Ez azért fontos, mert bizonyos NGO-k alig ellenőrizhető forrásokból működnek.

A Századvég szerint az NGO-k működése legitim, azonban a rájuk vonatkozó szabályozásnak igazodnia kell lobbista jellegükhöz és el kell érni, hogy a választók előtt egyértelmű legyen, hogy ezek a szereplők pontosan kik, milyen érdekeket szolgálnak és milyen forrásból működnek. Ennek az eszköze lehet ezen szervezetek regisztrációja, továbbá az anyagi forrásaik feltüntetésének szigorúbb szabályozása.

A Századvég tanulmányának zárásaképpen pedig az intézet megvizsgálta azoknak a szervezeteknek a listáját, amelyek Magyarországon külföldi forrásokból gazdálkodva politikai vagy lobbitevékenységet fejtenek ki. Fontos kiemelni, hogy a vizsgált szerveztek esetén nem önmagában a politikai tevékenység lehet aggályos, hanem a források pontos feltüntetésének hiánya. A Századvég által vizsgált szervezeteknek közül

• az Eötvös Károly Intézet,
• a K-monitor,
• az Ökotárs Alapítvány,
• az Amnesty International Magyarország
• és a Társaság a Szabadságjogokért

esetén merül fel annak indokoltsága, hogy a jelenleginél egyértelműbben és gyakrabban tüntessék fel a gazdálkodásuk során felhasznált külföldi forrásokat és azok eredetét. Mindemellett más országokhoz hasonlóan megfontolandó volna, hogy a működésüket és vagyongazdálkodást szigorúbb adminisztratív feltételekhez (regisztráció) kellene kötni.