Ligacsov 1985-től 1990-ig volt tagja a szovjet állampárt felső vezetésének, a politikai bizottságnak. A Szibériából származó politikus ötlete volt az 1980-as években bevezetett alkoholkorlátozás, amely borzasztóan népszerűtlen döntésnek bizonyult. A Gorbacsovnál tíz évvel idősebb Ligacsov kezdetben támogatta a főtitkár reformtörekvéseit és az ország korszerűsítését, de miután a Gorbacsov nevéhez fűződő glasznoszty és peresztrojka (nyitottság és reform) névre keresztelt politikák a szocializmushoz képest szociáldemokrata színezetű politikáknak tűntek, szembeszállt korábbi pártfogoltjával, s ezért alacsonyabb posztra helyezték a pártállami hierarchiában.
Az 1990-es pártkongresszuson már főtitkárnak jelöltette magát Gorbacsovval szemben, s magát leninista politikusként feltüntetve arra az álláspontra helyezkedett, hogy a glasznoszty túl messzire ment, Gorbacsov pedig, akit időközben a Szovjetunió első és egyben utolsó elnökévé választottak, az új poszt létrehozásával szerinte megkerülte a pártot. A pártkongresszuson vereséget szenvedett, s átmenetileg visszavonult a politizálástól.
Jegor Ligacsov a Szovjetunió megszűnése után ismét kommunista színekben kezdett politizálni, és háromszor is megválasztották az alsóház, az Állami Duma tagjává.